隱形牙套矯正和金屬線矯正最大的不同是矯正裝置的佩戴方法。
進行隱形牙套矯正時，並非由牙科醫生將矯正裝置戴在患者的牙齒上，而是由患者自己戴矯正裝置。然後，更換多個矯正裝置，調整齒列，一直到牙齒變為理想的排列。與隱形牙套矯正不同的是，戴矯正裝置和去醫院回診的頻率。
金屬線矯正在開始治療時，是由牙科醫生給患者的牙齒戴上矯正裝置。然後，在治療期間每3～4週去一次醫院，在牙科醫院調整矯正裝置。

隱形牙套矯正的治療時間
隱形牙套矯正是將牙套型矯正裝置（矯正器）在改善齒列的不同階段更換為不同形狀的裝置，從而使牙齒一點點移動。
結束治療所使用的矯正器數量依患者的齒列狀況而不同，治療時間也隨著齒列狀況而變化。
如果牙齒移動量小的話，幾個月後就可以結束移動，但如果齒列擁擠狀況比較複雜，牙齒移動需要花費很多時間，也可能需要2年以上，但是平均1年左右就可以結束治療。

如果進行金屬線矯正，根據患者的齒列狀況，金屬線矯正的治療時間也不同，平均3年左右結束治療。

治療期間的疼痛
由於隱形牙套矯正是利用矯正器材料的樹脂的彈性，用弱力一點一點地移動牙齒，所以與利用金屬線的力量使勁拉扯牙齒的金屬線矯正相比，並不是很痛。
矯正裝置非常輕薄柔軟，不會傷害口腔黏膜，佩戴時也不太有違和感，也幾乎不會妨礙說話發音。
因為金屬線矯正是用金屬線用力擰緊使牙齒移動，所以在治療過程中可能會感到疼痛。特別是剛開始矯正治療後經常會痛。但是，過幾天就會習慣疼痛了。
為了將矯正裝置戴在牙齒表面，可能會刮傷口腔中的黏膜和舌頭，刮傷會有疼痛的情況。